Es gibt eine Reihe von Gesundheitsproblemen, die die Exotic Shorthair und die mit ihr eng verwandte Perserkatze betreffen. Da der Kopf verkürzt und das Gesicht abgeflacht ist, können Kieferfehlstellungen vorliegen, die unter Umständen zu Zahnerkrankungen und potenziellen Problemen beim Fressen und Trinken führen. Kleine Nasenlöcher und ein zu langes Gaumensegel können außerdem Atemprobleme verursachen.
Die Tränenkanäle folgen möglicherweise nicht mehr ihrem ursprünglichen Verlauf, so dass das Gesicht ständig nass ist – Hautausschläge und wunde Stellen im Gesicht können die Folge sein. Durch das abgeflachte Gesicht können auch Augenerkrankungen entstehen. Exotische Kurzhaarkatzen tragen ein Gen, das durch die Bildung von Zysten an der Niere zu Nierenversagen führt (der so genannten autosomal-dominanten polyzystischen Nierenerkrankung). Dieses Gen wurde in den 1990er-Jahren bei einem Drittel aller Exotic-Shorthair- und Perserkatzen gefunden, als entsprechende Tests auf den Markt kamen. Unter Verwendung dieses Tests versuchen Züchter nun, das Problem aus der Welt zu schaffen – frage deinen Züchter also immer nach den PKD-Zertifikaten von den Elterntieren deines Kätzchens.